一、DNA鑑定流程
一般刑案現場可能發現的生物跡證種類凡多，諸如：血液斑、唾液斑、精液斑、毛髮及骨骼等，經現場鑑識人員採證送至本室後，實驗人員先以各種初步檢測方式(如Kastle-Meyler血跡檢測法、酸性磷酸酵素檢測法、唾液澱粉脢檢測法)檢視證物之狀況，並採取適當之檢體做進一步萃取DNA的工作。
證物依種類及性質之不同，以不同之萃取方法為之，除了傳統之Chelex法及有機萃取法外，目前已經發展出多種商業的萃取DNA用套組，可針對不同性質的檢體萃取出DNA。DNA萃取出來後進行DNA定量，以確定檢體是否含有足量人類DNA並決定接下來做DNA聚合脢連鎖反應所應加入之DNA模板量。
DNA聚合脢連鎖反應係利用DNA在不同溫度所發生的反應、特定之引子及聚合脢之作用，每次反應可使特定DNA片斷呈倍數複製，經反覆進行後，可放大我們欲鑑定之目標基因位之DNA量，足以達到我們可以觀察的程度，整個反應約需三至四小時，反應後所得產物再以毛細管電泳的方式以分離不同之DNA片斷，並以螢光偵測，利用電腦分析結果，電泳圖譜如圖所示。經和標準品DNA比對後可得到該檢體數據化之DNA-STR型別。
所得之DNA-STR型別結果輸入資料庫進行建檔，並比對有無相同者，除了個化鑑定外，因DNA具有遺傳之特性，還可以做親子關係鑑定，此鑑定可應用在性侵害案件、無名屍認領及民事親子關係確認之用。
二、親子DNA鑑定
根據遺傳定律，個體中每個細胞均含有相同的DNA分子，一半來自父親，另一半來自母親。早期的血緣鑑定使用的方法從ABO血型開始一直為血清學相關的分析技術，此類方法要求新鮮度高且需要量多，因其不同組合基因的數目較少，即個化的鑑別率並不高。現在生物科技日新月異，親子鑑定的方式也愈來愈快速簡便，目前一般是從人體口腔細胞、血液或組織萃取出DNA，本室是採用DNA短片段重覆序列（STR）分析比對血緣關係，係以美國FBI之CODIS系統所採用之13個DNA鑑定標記為基礎，利用DNA複製儀器（PCR），再經由核酸自動定序儀檢出其組合基因型，由於其檢體需求量少，靈敏度高，組合基因型組數多，且所需檢體的新鮮度不若傳統血清學嚴苛，因此DNA技術逐漸取代血清學成為科學鑑識的主流。STR應用於親子關係鑑定上，親子關係機率可以達到99.99%以上。
什麼情況下需要做DNA親子鑑定呢?
- 刑案被害人身分的確認被害人遭殺害，如遭分屍或焚屍，或疑為謀殺詐領保險金時，需做親子鑑定進一步確認死者身分。
- 無名屍身分的確認當某地發現的無名屍已死亡多日，面貌特徵無法辨識，親屬關係的鑑定，有助於家屬找尋失蹤的親人。
三、證物鑑定流程
證物的鑑定流程可分成初步檢測、DNA萃取、PCR複製、儀器電泳分析。酸性磷酸酵素檢測法，是檢測精液中含量極高之酸性磷酸酵素，它是一種蛋白質，檢測該酵素之活性，可初步篩檢檢體中是否含有精液，但一般體液中，亦有較低濃度之酸性磷酸酵素，其濃度會因人或不同生理狀況而有所差異，因此結果呈弱陽性反應時，可能是檢體精液濃度較低或根本無精液，須進一步分析研判。而Kastle-Meyer血跡反應法，是檢測血液中的血紅素，經由氧化還原反應，在數秒內產生顏色反應，可初步篩檢檢體中是否含有血液，但是在化學物質的干擾下，也有可能導致偽陽性反應，必須小心求證。經由初步檢測的結果，研判需進一步分析的證物，則會以萃取DNA、DNA定量、PCR複製、儀器電泳分析等步驟，來分析檢體DNA-STR型別。
四、DNA身份辨識的鑑定
許多大型災難（如飛機空難、火災、爆炸、地震等）的發生，往往因高溫、震波造成屍體的支離破碎與烤焦碳化現象，導致傳統的人身鑑別（如性別、身高、髮型、牙齒、疤痕、刺青等）無法辨識個人身分。此時，DNA鑑定變成辨識身份的唯一方法，因為DNA存在身上的每一個有核的細胞中，鑑定DNA不僅可以取得基本的性別資料，也可以獲得鑑定身分所需的DNA型別。因此，不論屍體破壞、支離的程度如何，只要收集到所有的殘骸，相同的DNA型別殘骸將可組成一個個體，若有生前的DNA參考檢體供鑑定比對（如牙刷、刮鬍刀、梳子等），可迅速辨識出身分，或由親屬DNA鑑定亦可推斷出殘骸的身分，尤其在已知身分範圍中的空難檢體中，DNA鑑定的可靠性更高。
本局生物科在台灣地區歷次大型災難中，罹難者的人別鑑定上扮演重要的角色，包括：
- 87.2.16.華航桃園大園空難。
- 88.9.21.九二一地震、東星大樓、東勢南投地區災難。
- 89.10.31.新航中正機場空難。
- 91.5.25.華航馬公空難。
等，在這些災難中本室發揮了團隊的精神，並經由相關單位的協助，讓罹難者家屬在最短的時間找到罹難者，對安撫家屬的心靈有莫大的幫助。
五、DNA檔案
性侵害加害人ＤＮＡ檔案
本局依性侵害犯罪防治法及去氧核醣核酸採樣條例之規定建立國家級ＤＮＡ檔案，對於性侵害加害人、性犯罪、重大暴力犯罪案件之被告或犯罪嫌疑人依法強制採樣，建立其ＤＮＡ資料庫。
當有性侵害案件發生時，各縣市政府性侵害防治中心將提供性侵害案件被害人各項協助，各地區之性侵害防治責任醫院可協助被害人身體跡證之採取，應用內政部製發之疑似性侵害案件證物袋進行完備之採證與保全證物，證物袋將經由各地警察機關送至本局進行ＤＮＡ鑑定分析，鑑定結果與ＤＮＡ資料庫比對，將可迅速發現犯罪者而破案，未比中案件亦會建立未破案證物ＤＮＡ檔案，對於連續案之偵查有極大幫助，本局已因檔案件建立而偵破多起重大連續性侵害案件，例如中山之狼、雨夜之狼等案件，本局鑑定結果亦為司法機關偵審之重要參考。
因此若不幸發生性侵害案件，我們希望被害人能勇敢地站出來，讓我們幫助您，讓我們一起合作，讓加害人接受司法審判與後續矯治，共同為婦幼安全努力。
